Το μητρικό σωματείο της ΠΑΕ είναι ο ΠΓΣ Κισσαμικός και σε περίπτωση που δρομολογηθεί επανεκκίνηση από τα τοπικά πρωταθλήματα, εξετάζεται το ενδεχόμενο ενεργοποίησης ξανά του ονόματος και της ταυτότητας του Κισσαμικού. Σε αυτή την περίπτωση, ο Νέος Κισσαμικός, που έχει λειτουργήσει ως συνέχεια του ιστορικού συλλόγου σε επίπεδο ΕΠΣ, ενδέχεται να παύσει να υφίσταται, με σκοπό να επανέλθει το αρχικό σωματείο.
Στο πλαίσιο αυτό, εφόσον τελικά προχωρήσει η επαναφορά, θα πρέπει να εξεταστούν και ζητήματα που αφορούν την ταυτότητα της ομάδας, όπως το σήμα.
Υπενθυμίζεται ότι το σήμα του δελφινιού που είχε αντικατασταθεί από την ΠΑΕ με την απεικόνιση της Κρήτης μέσα σε κύκλο και με μπλε-λευκές ρίγες, ενδέχεται να επανέλθει, με τη σχετική διαδικασία να απαιτεί επίσημες τροποποιήσεις.