Η άνοδος του Ηρακλή στη Super League φέρνει κοσμογονικές αλλαγές στην πρώτη ομάδα, αλλά στις ακαδημίες η εικόνα παραμένει σε μεγάλο βαθμό ίδια. Ο σύλλογος επιλέγει τη συνέχεια και τη σταθερότητα στα τμήματα υποδομής.
Ο Νίκος Πουρτουλίδης, με πλούσιο παρελθόν ως παίκτης και αρχηγός του Ηρακλή αλλά και ως τεχνικός διευθυντής στη Super League 2, αναμένεται να συνεχίσει στη θέση του διευθυντή των ακαδημιών.
Ο Γιώργος Τζόλας, που οδήγησε την U19 στην κατάκτηση του πρωταθλήματος Νέων στη Super League 2 — στα πέναλτι κόντρα στον Μακεδονικό στη Χαλάστρα — φαίνεται να συνεχίζει στον πάγκο της ομάδας.
Στην U15 πιθανότατα παραμένει ο Γιώργος Δεληγιάννης.
Το μόνο κενό που χρειάζεται να καλυφθεί είναι στην U17, μετά την αποχώρηση του Κοσμά Τσιλιανίδη που αναλαμβάνει χρέη βοηθού προπονητή στην Athens Kallithea δίπλα στον Βαγγέλη Μόρα. Η αναζήτηση του κατάλληλου προπονητή για τη θέση αυτή βρίσκεται σε εξέλιξη.